Vedle programů, které podepisují PDF dokumenty v okamžiku jejich vzniku (v rámci konverze) pochopitelně existují i takové, které neslouží ke konverzi, ale jen k podepisování (již existujících) PDF dokumentů. Jejich schopnosti a způsoby ovládání se mohou lišit – mohou to být velmi jednoduché programy se strohým uživatelským rozhraním, ale stejně tak to mohou být programy s větším rozsahem funkcí a komfortním způsobem ovládání.
Případně může jít o funkčnost, zabudovanou do programů, které mají primárně jiný účel. Například u různých spisových služeb, které slouží potřebám nakládání s PDF dokumenty.
Jako příklad si můžeme ukázat dva programy české provenience. Prvním je komerční program PDF Signer od společnosti Dignita. Jeho ovládání je maximálně zjednodušeno a redukuje se na přetažení souboru s PDF dokumentem na tento program. Ten to pochopí jako pokyn k podepsání podle aktuálního nastavení s tím že podepsaný soubor je uložen do stejného místa jako podepisovaný soubor. Příklad vzhledu programu ukazuje následující obrázek.
Obrázek 6 - 48: Program PDF Signer od spol. Dignita
Nastavení programu PDF Signer umožňuje volbu certifikátu, na kterém má být podpis založen (včetně hodnocení toho, zda je certifikát pro tento účel vůbec použitelný). Nabízeny jsou osobní certifikáty ze systémového úložiště MS Windows (ke kterým je k dispozici soukromý klíč). Standardně jsou vytvářeny pouze neviditelné elektronické podpisy na PDF dokumentech, ale program „umí“ i podpisy viditelné. Lze zadat i důvod podpisu a umístění.
Druhým příkladem je javovská aplikace JSignPDF, která je softwarem s otevřeným kódem (open-source) a může se legálně a zdarma používat jak v soukromé, tak i v komerční sféře. Tato aplikace již nabízí klasičtější rozhraní s možností explicitního výběru zdrojového i cílového souboru. Zajímavostí je možnost volby úložiště důvěryhodných certifikátů. Podporován je také viditelný podpis, stejně jako možnost zadat důvod podpisu, umístění či kontakt na podepsanou osobu.
Obrázek 6 - 49: Uživatelské rozhraní javovské aplikace JsignPDF